如果基于单次实验,您希望检验三个或更多数据集之间最佳拟合参数的差异,该怎么办?您不仅想知道所有曲线是否相同,还希望通过多重比较来对比曲线两两之间的差异,并重点关注某个特定参数。Prism 提供了两种实现方法:
1.执行非线性回归分析。从“结果”表中记录您要比较的参数的控制数据,例如剂量反应曲线中的 logEC50。
2. 同时记录这些参数的标准误差,以及每条曲线的自由度(等于数据点数减去拟合变量数)。
3.在 Prism 中创建一个新的分组表,格式设置为输入“均值、标准误差、样本量”。您只需将值输入到该表的第一行。
4.对于每个数据集,请在“均值”列中输入该参数的控制数据(即 logEC50)。
5.在“SEM”列中输入控制数据的标准误差。
6.对于 N,请输入比该拟合的自由度多 1 的数值。(为什么要在“N”列中输入 df+1?ANOVA 计算实际上并不关注 N 的值,而是基于 df。Prism 会从您输入的 N 值中减去 1,并将该值用作 dfF。由于您输入的是 df+1,Prism 最终会使用正确的 df 值。)
7.点击“分析”,选择单因素方差分析(one-way ANOVA)以及适当的多重比较检验。
您可以重新运行分析,每次比较两组数据集(曲线)。最简单的方法是复制主分析的结果(“新建”>“复制工作表”),然后从新分析中删除除两组数据集以外的所有数据。另一种方法是保留一个数据表,点击“分析”,选择“非线性回归”,并在对话框右侧选择要比较的两组数据集。
比较拟合结果时有两种方法:额外平方和F检验和AICc方法。
采用统计学显著性(额外平方和F检验)方法时,传统上(尽管完全是任意设定的)会采用P=0.05作为阈值。但若进行大量比较,则需对多重比较进行校正。 将 0.05(或您设定的任何总体阈值)除以待比较的分析对数,即可得出一个更严格的新阈值,当 P 值小于该阈值时,即可判定该比较“显著”。
AIC(调整后信息量)法用于比较曲线时,不基于统计假设检验,也不会因多重比较而产生混淆。使用该方法有两种途径:
•在 Prism 非线性回归的“诊断”选项卡中,勾选报告每条曲线 AICc 的选项。随后,您可以利用这些 AICc 值进行手动计算或比较。
•每次对两个数据集运行非线性回归,并利用AIC方法评估您关注的参数(logEC50)在两个数据集之间存在差异的证据强度。AIC计算结果仅反映该参数在两个数据集中“相同”与“不同”的概率。您需要自行判断当这些概率差异足够大时,才认为参数存在差异。