酶动力学的标准分析（本文仅讨论此类分析）假设：

•在所选时间区间内，产物的生成量与时间呈线性关系。

•底物浓度远高于酶浓度。这意味着底物的游离浓度非常接近初始添加浓度，且在整个实验过程中底物浓度基本保持恒定。

•产物仅由一种酶形成。

•在没有酶的情况下，产物的自发生成可忽略不计。

除内置的别构模型外，Prism的内置方程还假设：

•不存在协同作用。底物与一个酶位点的结合不会影响相邻位点的亲和力或活性。

•底物和产物均不作为别构调节剂来改变酶的反应速率。