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Monte Carlo示例:置信区间的准确性

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概览

当您使用非线性回归拟合曲线时,最重要的结果之一是参数的95%置信区间。这些区间是根据标准误差计算得出的,而标准误差本身是基于某些数学简化假设的。 这些标准误差被称为“渐近”或“近似”标准误差。它们是在假设方程为线性的前提下计算得出的,但实际应用于非线性方程。这种简化意味着置信区间可能过于乐观、过于狭窄,因此您的真实置信水平可能低于95%。

如何判断这些置信区间是否确实具有95%的置信度?对此没有通用的解答方法。但针对任何具体情况,您都可以通过模拟获得答案。本页将介绍如何利用Prism 6新增的蒙特卡洛功能来实现这一点。 我们将模拟一条剂量反应曲线,并考察Hill斜率的95%置信区间的准确性。Christopolous指出,Hill斜率的分布可能呈非对称性,并建议改用Hill斜率的对数进行拟合(1)。

步骤 1. 模拟第一个实验

在任意位置点击“新建...分析”,然后选择“模拟 XY 数据”。若要完全按照本示例操作,请进行以下选择:

•“X 值”选项卡。从 X=-9 开始,每个 X 值以 0.5 为增量递增,当 X 等于或大于 -3.0 时停止。

•“方程”选项卡。选择文件夹“剂量反应 - 刺激”,并选择方程:log(激动剂) 与反应值的关系——可变斜率。

•“参数值”选项卡。选择模拟一组数据集,包含 3 个重复值。将“下限”设为 250,“上限”设为 5000,“logEC50”设为 -6,“HillSlope”设为 0.5。

•“随机误差”选项卡。随机误差为高斯分布(绝对值),标准差(SD)=200。

步骤 2. 拟合第一个实验

1.在图表中,单击“分析”,然后选择“非线性回归”。或者单击工具栏“分析”部分中的非线性回归快捷按钮。

2.在第一个(拟合)选项卡中,选择文件夹:剂量反应 - 刺激。然后选择方程:log(激动剂) 与反应 -- 可变斜率。其他选项卡中的所有默认设置均可保留。

3.点击“确定”,Prism 将根据数据拟合模型,并在图表上绘制曲线。

步骤 3. 模拟更多数据集

请注意“Hill斜率”(Hill Slope),这是我们在本次模拟中希望研究的参数。若要使用不同的随机数模拟新数据,请点击红色骰子图标,或展开“更改”(Change)菜单并选择“再次模拟”(Simulate Again)。请注意,Hill斜率会随之变化。

步骤 4. 模拟大量数据集

从非线性回归结果开始,单击“分析”,然后选择“蒙特卡洛模拟”。

在第一个(“模拟”)选项卡中,选择希望 Prism 执行的模拟次数。在本示例中,输入 1000。

在第二个(“待制表参数”)选项卡中,选择要制表的参数。可选项是 Prism 在分析数据时生成的分析常量列表。在本示例中,我们仅需将 Hill斜率的两个置信区间表。

在第三个(“命中”)选项卡中,定义使给定模拟结果被视为“命中”的标准。在本示例中,我们将“命中”定义为:置信区间包含真实值 0.5(在模拟中设定)。 因此,当下限小于或等于 0.5 且上限大于或等于 0.5 时,即定义为“命中”。

点击“确定”,Prism 将运行模拟。根据计算机的运行速度,此过程可能需要几秒到几十秒不等。

步骤 5. 蒙特卡洛结果

模拟结果仅显示在一页上(因为我们在上面的“命中”选项卡中取消勾选了所有关于报告单次模拟结果的选项)。

命中率(hits fraction)为 0.954。在本示例中,我们将“命中”定义为置信区间包含真实参数值。 换言之,在 1000 个模拟数据集中,有 95.4% 的数据集其 HillSlope 的置信区间包含了(模拟中使用的)真实值。(由于这些结果依赖于 Prism 生成的随机数,当您尝试按照本示例操作时,可能会得到略有不同的结果)。  这正是95%置信区间应有的表现,也意味着在此实验设计中,您可以信赖这些置信区间。对于此实验设计,无需考虑改用对数Hill斜率进行拟合。

第 6 步:尝试变体

如果该结果的置信区间过宽(范围为 93.9% 至 96.6%),请返回并增加蒙特卡洛模拟的迭代次数(例如 10,000 次)。

该结论仅适用于您所选择的实验设计和参数值。请返回模拟界面,将 HillSlope 改为 4.0。然后在蒙特卡洛对话框中重新定义“命中”的条件,即置信区间必须包含真实值 4.0。 当下限小于或等于 4.0 且上限大于或等于 4.0 时,即定义为“命中”。在 HillSlope 如此陡峭的情况下,置信区间实际上完全不准确。 在“95%”置信区间中,只有 83.1% 的模拟结果包含真实值(4.0)。 将浓度点数加倍(在“模拟 XY 数据”对话框的“X 值”选项卡中,将 X 值的增量从 0.5 调整为 0.25)即可解决此问题。随着数据点数量的增加,在 95.3% 的模拟中,95% 置信区间都包含真实值。

通过调整模拟对话框中的选项,并观察蒙特卡洛模拟的结果,您可以设计出更优的实验方案。

另一个示例

下面是一个更详细的示例,利用模拟方法求解t检验的功效。

参考文献

1. Arthur Christopoulos,《评估配体-受体交互作用模型中参数的分布:是否进行对数转换》,《药理学趋势》(Trends in Pharmacological Sciences),第19卷,第9期,1998年9月1日,第351-357页

本示例的 Prism 文件