概览

“选项”选项卡允许您自定义 Prism 执行多重比较校正、显示结果以及生成诊断图表的方式。这些设置控制着分析结果的输出格式和呈现方式。

“选项”选项卡分为以下几个部分：

1.多重比较检验——选择多重检验的校正方式

2.多重比较选项——微调比较设置

3.图形选项 - 选择要生成的图表

4.输出 - 控制结果表格的格式

多重比较检验

本节用于确定 Prism 在进行多重比较时，如何调整 P 值以控制假阳性率上升的风险。

选项 1：使用统计假设检验对多重比较进行校正（推荐）

作用：采用经典的多重比较校正方法，控制家族错误率（FWER）——即在所有比较中至少发生一次Ⅰ类错误（假阳性）的概率。

适用情况：

•这是大多数情况下的推荐默认设置

•当您希望控制所有比较的总体错误率时

•大多数生物学研究中的标准方法

可用的检验/校正方法：

Tukey

•控制家族错误率

•统计功效良好

•适用于均衡和轻微不均衡的设计

•最适合用于比较所有两两组间的关系

•在生物学研究中应用最为广泛

邓内特

•特异性设计用于将多个处理组与一个对照组进行比较

•当存在明确的对照组时，其功效强于Tukey法

•在“多重比较”选项卡中选择“将组与对照组进行比较”时使用

Šídák

•与Tukey方法类似，但略微保守

•Tukey 算法的替代方案，具有类似的特性

霍尔姆-希达克

•逐步降阶法

•通常比图基法更强

•一种不错的通用替代方法

邦费罗尼

•非常保守（可能漏检真实差异）

•简单方法：将α除以比较次数

•适用于需要极度保守的情况

•对于许多生物学应用而言往往过于保守

如何选择：

在大多数情况下，您无需过多担心应选择哪种选项，因为 Prism 会根据您指定的比较类型（所有成对比较、与对照组的比较等）提供合理的默认设置。 不过，如果您有特异性需求需要应用其他方法，只需在下拉菜单中选择您偏好的方法，即可从适用于指定比较的各种方法中进行选择。

选项 2：通过控制错误发现率对多重比较进行校正

作用：使用错误发现率（FDR）方法来控制显著结果中假阳性的预期比例，而不是控制家族错误率。

错误发现率（FDR）：

•所有显著结果中假阳性的预期比例

•比控制家族错误率的要求更宽松

•功效更强（更能检测到真实的差异）

•接受部分显著结果可能是假阳性

何时使用FDR方法：

•涉及大量比较的探索性研究

•当功效是关注重点时

•基因组学、蛋白质组学或其他高通量研究

•当您愿意接受少量假发现时

•在发现阶段的研究中，且后续可对假阳性结果进行验证

不应使用FDR方法的情况：

•验证性研究

•当假阳性会产生严重后果时

•比较次数较少（此时应采用家族总错误率校正）

•当您的研究领域通常采用传统的多重比较校正时

可用的三种FDR方法：

1.Benjamini、Krieger 和 Yekutieli 的两阶段递升法（推荐）

•FDR控制的默认选择

•这是原始FDR方法的改进版，采用两阶段流程，具有更高的功效。

•比原始的Benjamini-Hochberg方法具有更大的功效

•一种自适应程序，用于估计真零假设的比例

•通常是最佳的FDR方法

•在功效与FDR控制之间取得了良好的平衡

2.Benjamini和Hochberg提出的原始FDR方法

•最初且最广为人知的FDR方法

•保守但可靠的FDR控制

•已得到充分验证且被广泛引用

•比两阶段法更简便

•可在任何检验依赖度结构下控制FDR

•若您的研究领域具有特异性要求采用此方法，则可选用

3.Benjamini 和 Yekutieli 的修正方法（功效较低）

•三种FDR方法中最保守的一种

•即使检验之间呈正相关，也能控制FDR

•统计功效低于其他方法

•在任何相关结构下均可提供有效的FDR控制

选项 3：不进行多重比较校正。每次比较均独立进行

作用：在不进行多重比较检验校正的情况下执行比较。每次比较均采用未经校正的显著性水平（默认值为 0.05）。

所用检验：Fisher LSD检验（最小显著差）

何时适用：

•比较次数极少（2-3次）

•您有明确的先验假设（计划内比较）

•总体方差分析（ANOVA）显著，且您正在进行“受保护”的LSD检验

•正在进行初步的探索性分析

不应使用的情况：

•比较数量较多（会导致Ⅰ类错误率升高）

•无特异性假设的探索性分析

•符合发表标准的分析（审稿人通常期望进行校正）

 

多重比较的处理方案

交换比较方向（A-B）与（B-A）

此选项在计算多重比较的均值差时，会改变减法的方向。

为每次比较报告经多重性校正的 P 值

选中此选项后，Prism 除提供显著性汇总外，还会报告每次比较的实际校正 P 值。

家族α阈值和置信水平

该值也称为α，用于控制比较族的总体显著性水平以及置信区的置信水平。默认值（也是最常见的值）为0.05。

绘图选项

此复选框允许您指定 Prism 是否应生成图表，以显示分析中指定的每项单独比较的置信区间。

输出

选择 P 值的报告方式，以及所需的有效数字位数。