Prism 10 引入了一种全新的文件格式,它为 Prism 文件的用途——无论是在应用程序内部还是外部——释放了巨大的潜力,同时确保从 Prism 旧版文件格式的过渡几乎无缝衔接。 本页面阐述了引入新文件格式的决策理念与动机,并提供了关于新文件格式组织结构的技术细节,以及(如果您愿意)如何探索该格式的相关信息!
更开放,更易用
Prism 文件包含大量关于您工作的有用信息:从原始数据,到您选择的分析选项及后续结果,再到您创建的自定义图表。但归根结底,这一切都是您的成果。我们认为您应始终能够完全访问这些内容。这正是我们推出全新 .prism 文件格式的主要动机之一,旨在让您更轻松地访问文件内部的这些资源。
从根本上讲,新的 Prism 文件格式有哪些变化?首先,您的文件内容不再被专有格式所隐藏或遮蔽。相反,新 Prism 文件格式中的所有内容都存储在可完全探索和查看的结构中(新的 Prism 文件的工作原理与 zip 文件非常相似)。 此外,我们选择采用行业标准方法存储文件的各个组件:数据以 CSV 格式存储,所有分析参数和结果均采用标准 JSON 架构存储。这意味着,文件中没有任何内容会被锁定,无需使用 Prism 即可访问。
透明度是关键
科学结果的验证是任何研究项目的重要组成部分。这通常意味着需要重现或重复已进行的工作,在相同的实验条件下,采用相同的数据采集方法和分析流程,以复现相同的结果。遗憾的是,无法复现结果——特别是在生物学、生物化学和生物医学研究中——已成为一个普遍问题,被称为“可重复性危机”。 重要的是,这一问题通常与结果是否“正确”毫无关系。问题的根源在于数据采集与分析方法缺乏透明度。 当这些信息缺失或不完整时,实验流程中哪怕微小的变动都可能导致截然不同的(因而无法重现的)结果。这也是我们选择将 Prism 过渡到更开放的文件格式的另一个原因:每次分析中选定的每个选项,都将与所有参数及计算出的分析结果一同清晰呈现。您的 Prism 文件将清晰追溯分析工作的全过程,从输入数据到最终结果及可视化呈现。
践行 FAIR 理念
2016年,《自然·科学数据》(Nature Scientific Data)期刊发表了题为《科学数据管理与治理的FAIR指导原则》的文章,提出了FAIR数据原则的概念。这些原则旨在提高科学数据的可发现性、可访问性、互操作性和可重用性,进而有助于提升基于这些数据开展的任何工作的可重复性。 在向新文件格式过渡的过程中,我们已广泛采纳了FAIR理念。Prism文件的任何组成部分(数据、分析参数或结果)均可在文件结构中被定位,并可供后续以任何所需方式重复使用。
无论您是刚开始使用 Prism,还是已使用数十年,我们都深知保留对您研究成果的访问权限至关重要(毕竟,这正是我们选择迁移至新文件格式的初衷!)。 因此,我们绝不希望您无法访问任何使用旧文件格式(扩展名为 .pzfx 或 .pzf)生成的 Prism 文件。但我们也希望确保新文件格式的引入尽可能顺畅无阻。
正因如此,我们在 Prism 10 中引入了“兼容模式”。简而言之,Prism 10 允许您在兼容模式下打开旧版格式的文件,且不会出现警告或提示。在兼容模式下打开文件不会限制您的操作:您仍可使用 Prism 10 提供的所有功能。重要的是,当您选择保存文件时,Prism 会自动检查以确保该文件仍与现有文件格式兼容。 如果没有兼容性问题,Prism 会按预期保存文件。如果存在与旧文件格式不兼容的新功能或特性,Prism 将列出每个问题,并为您提供后续操作选项(包括将文件保存为新的 .prism 文件格式)。这些改动确保您可以无缝过渡到使用我们的新文件格式,无需担心现有工作的处理问题。