Prism 10 引入了一种全新的文件格式,该格式为 Prism 文件的应用开辟了广阔的可能性——无论是在应用程序内部还是外部——同时确保从 Prism 旧版文件格式的过渡几乎无缝衔接。 本页面阐述了引入新文件格式的决策背后的理念与动机,并提供了关于新文件格式组织结构的一些技术细节,以及(如果您愿意)如何探索该格式的相关信息!
更开放,更易访问
Prism 文件包含大量关于您工作的有用信息:从原始数据,到您所选的分析选项及后续结果,再到您创建的自定义图表。但归根结底,这一切都是您自己的工作成果。 我们坚信,您应当始终能够完全访问这些内容。这正是我们推出全新 .prism 文件格式的首要动机之一,旨在让您更轻松地访问文件内的这些资源。
从根本上讲,新的 Prism 文件格式有哪些变化?首先,您的文件内容不再被专有格式所隐藏或遮蔽。相反,新 Prism 文件格式中的所有内容都存储在可被完全探索和检索的结构中(新的 Prism 文件的工作原理与 zip 文件非常相似)。 此外,我们选择采用行业标准方法来存储文件的各个组成部分:数据以 CSV 格式存储,所有分析参数和结果均存储在标准 JSON 模式中。这最终意味着,文件中没有任何内容会被锁定,无需使用 Prism 即可访问。
透明度至关重要
科学结果的验证是任何研究项目的重要组成部分。这通常意味着需要重新构建或重复已进行的工作,采用相同的实验条件、相同的数据采集方法以及相同的分析流程,以再现相同的结果。 遗憾的是,无法重现结果——特别是在生物学、生物化学和生物医学研究中——已成为一个普遍存在的问题,即所谓的“可重现性危机”。重要的是,这个问题往往与结果是否“正确”毫无关系。 相反,问题根源在于数据采集和分析方法缺乏透明度。当这些信息缺失或不完整时,即使实验流程中出现微小的变化,也可能导致结果截然不同(从而无法重现)。 这也是我们选择将Prism过渡到更开放的文件格式的另一个原因:每次分析中选定的每个选项,以及所有参数和计算出的分析结果,都一目了然。您的Prism文件将清晰呈现分析工作的完整溯源路径,从输入数据到最终结果和可视化展示一应俱全。
践行 FAIR 理念
2016年,《自然·科学数据》(Nature's Scientific Data)期刊发表了一篇题为《科学数据管理与治理的FAIR指导原则》的文章,提出了FAIR数据原则的概念。 这些原则旨在提高科学数据的可发现性、可访问性、互操作性和可重用性,从而有助于提高基于这些数据开展的任何工作的可重复性。作为向新文件格式过渡的一部分,我们已广泛采纳了 FAIR 理念。 Prism 文件的任何组成部分(数据、分析参数或结果)均可在我们的文件结构中被定位,并可供后续以任何所需方式重复使用。
无论您是刚刚开始使用 Prism,还是已经使用了数十年,我们都知道能够继续访问您的结果是多么重要(毕竟,这正是我们最初选择迁移到新文件格式的初衷!)。 因此,我们绝对不希望您无法访问以前旧文件格式(文件扩展名为 .pzfx 或 .pzf)生成的任何 Prism 文件。但我们也希望确保新文件格式的引入尽可能顺畅。
正因如此,我们在 Prism 10 中推出了“兼容模式”。简而言之,Prism 10 允许您在兼容模式下打开旧版格式的文件,且不会出现任何警告或提示。在兼容模式下打开文件不会对您造成任何限制:您仍可使用 Prism 10 提供的所有功能。 重要的是,当您选择保存文件时,Prism 会自动检查以确保该文件仍与现有文件格式兼容。如果不存在兼容性问题,Prism 就会按预期保存文件。 如果文件中包含任何与旧文件格式不兼容的新功能或特性,Prism 将列出每个问题,并为您提供后续处理方案(包括将文件保存为新的 .prism 文件格式)。 这些改动确保您能够无缝过渡到使用我们的新文件格式,而无需担心现有作品会受到任何影响。