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引言

在饱和结合实验中,通过改变放射性配体的浓度并测量结合情况,旨在确定Kd值(在平衡状态下,配体与受体位点结合达到一半时的配体浓度)和Bmax值(最大结合位点数)。

配体不仅会与受体位点结合,还会与非特异性位点结合。处理非特异性结合有三种方法。

•扣除非特异性结合,仅分析特异性结合。请继续阅读了解此方法。

•仅分析总结合量,并根据总结合曲线的形状推断非特异性结合的量。了解更多。

•同时对总结合和非特异性结合进行整体分析。了解更多。

分步操作

创建一个 XY 数据表。将放射性配体浓度输入 X 列,特异性结合量输入 Y 列。如果有多个实验条件,将第一个条件放入 A 列,第二个放入 B 列,依此类推。

另一种方法是将总结合输入到 A 列,非特异性结合输入到 B 列。然后使用“去除基线”分析将 B 列的数值从 A 列中减去,从而生成包含特异性结合量的新结果表。

在特异性结合数据表中,点击“分析”,选择“非线性回归”,选择“饱和结合方程”面板,并选择“单位点特异性结合”。

模型

Y = Bmax*X/(Kd + X)

参数解读

Bmax 是最大特异性结合量,单位与 Y 相同。它是外推至极高放射性配体浓度时的特异性结合量,因此其值几乎总是高于实验中测得的任何特异性结合量。

Kd 是平衡解离常数,单位与 X 相同。它是达到平衡时实现半最大结合所需的放射性配体浓度。

绘制斯卡查德图

在非线性回归技术出现之前,研究人员必须将曲线数据转换为直线,以便通过线性回归进行分析。实现这一目标的一种方法是绘制斯凯查德图,该图以特异性结合量为横轴,以特异性结合量与游离放射性配体浓度之比为纵轴。

若绘制斯凯查德图,请仅将其用于展示数据。人类的视网膜和视觉皮层在进化过程中适应于识别边缘(直线),而非直角双曲线,因此以这种方式展示数据会更直观。 斯凯查德图通常作为饱和结合曲线的插图呈现。当您需要展示 Bmax 或 Kd 的变化时,它特别有用。

请勿使用线性回归直线的斜率和截距来确定 Bmax 和 Kd 的数值。若采用此方法,将无法获得最精确的 Bmax 和 Kd 值。问题在于,这种转换会扭曲实验误差,因此 Scatchard 图上的数据并不符合线性回归的假设。 请使用非线性回归来获得 Kd 和 Bmax 的最准确值。

若要根据您的特异性结合数据绘制斯凯查德图,请使用 Prism 的“变换”分析功能,并从生物化学和药理学变换面板中选择“斯凯查德变换”。

要绘制与非线性回归拟合结果相对应的 Scatchard 线,请按照以下步骤操作:

1.创建一个新的 XY 数据表,不包含子列。

2.在第 1 行输入 X=0,Y=Bmax/Kd(此前已通过非线性回归确定)。您需要手动进行计算,并输入一个数值。

3.在第 2 行输入 X=Bmax 和 Y=0。同样,请在 X列中输入数值,而非文本“Bmax”。

4.记下该数据表的名称。不妨将其重命名为更恰当的名称。

5.转到 Scatchard 图。

6.从导航器中拖动新表格并将其拖放到图表上。

7.双击该数据集的一个新符号,调出“设置图表格式”对话框。

8.选择不绘制符号,而是用一条线连接。

 

注

•这并不是确定 Bmax 和 Kd 的最佳方法。最好对总结合和非特异性结合进行全局拟合,而不通过减法来计算特异性结合。

•绘制 Scatchard 图时,必须选择 Y 轴使用的单位。有些研究者将游离配体和特异性结合均以 cpm 表示,因此结合/游离的比值是一个无量纲的分数。 虽然这种表示方式易于解读(即与受体结合的放射性配体的比例),但另一种方法是将特异性结合以“结合位点/细胞”或“fmol/mg 蛋白质”表示,并将游离放射性配体浓度以 nM 表示。 虽然这会使Y轴在视觉上难以解读,但它为斜率(等于-1/Kd)提供了正确的单位。

•该方程等同于气体在表面吸附的朗缪尔等温线。