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剂量-反应模型有四个参数:下平台、上平台、EC50 以及斜率因子(通常被限制为一个标准值)。

在许多情况下,拟合剂量反应曲线的主要目的是确定EC50的最佳拟合值,即在顶部平台与底部平台之间引发中等反应浓度的阈值。如果这两个平台界定不明确,EC50的确定将存在很大不确定性。 可以这样理解:如果“100”和“0”的定义不够精确,那么“50”的定义也就无法精确,因此无法精确确定EC50。如果数据未能明确界定平台区,且没有用于评估上下平台区的控制数据,那么就无法精确确定EC50。

许多实验会设置对照组来测量可能出现的最大和最小响应值。在分析中纳入这些对照组有两种方法:

将上限和下限约束为由对照组确定的值,然后仅拟合 EC50 和斜率。

使用 Prism 的“规范分析”功能,将数据标准化为 0 到 100 的范围,并利用控制数据定义 0 和 100。随后使用非线性回归拟合“标准化响应”模型。此类模型不会拟合上下平台,而是强制将下平台设为 0,上平台设为 100。

将所有数据纳入拟合。对于以无药物为特征的对照组,输入极低浓度作为X值,例如比实际使用的最小浓度低两个数量级。对于以另一种药物为特征的非特异性对照组,输入高浓度,例如比最大浓度高两个数量级。现在所有数据都位于同一张表格中,且X值合理。  使用非线性回归拟合所有四个参数(底部、顶部、EC50 和斜率)。空白和非特异性数据有助于定义曲线,但不会像上述前两种方法那样对计算造成过载。Weimer 及其同事建议使用此方法 (1)。

注释:

拟合剂量-反应曲线前无需进行标准化处理。在许多情况下,直接展示原始数据更为妥当。

只有当不同剂量反应曲线可比时,才能使用同一坐标轴在同一图表上绘制多条曲线。如果不同实验测量的变量不同,标准化可将其转换为可比单位,这可能很有用。

无论是否选择对数据进行标准化,您仍需决定如何拟合数据。您希望 Prism 自动确定顶部和底部平台期的控制数据,还是希望这些平台期由控制数据决定?这是一个关键决策。

若对数据进行标准化处理,可选择其中一种标准化剂量反应方程。这些方程会将剂量反应曲线限定在 0% 至 100% 的范围内。只有当 0% 和 100% 由可靠的控制数据定义时,此类限制才具有意义。 如果 0% 和 100% 的定义存在模糊拟合,那么“50%”的定义同样存在模糊拟合,因此 EC50 的定义也同样存在模糊拟合。

仅仅因为您选择对数据进行标准化,并不意味着必须将曲线限制在0%至100%的范围内。Prism对这两个平台期进行拟合仍然是合理的,这样所有数据(而不仅仅是用于标准化的控制数据)都会被用于拟合平台期。Weimer及其同事证明,这是分析数据的一种有效方法(1)。

若不进行数据标准化,可使用“约束”选项卡将“顶限”和“底限”固定为根据对照实验确定的数值。因此,是否约束“顶限”和“底限”的决策,与是否在拟合前对数据进行标准化的决策截然不同。

可以仅将其中一个参数(Top 或 Bottom)固定为常数值,而另一个则不固定。

若进行标准化处理,请勿同时选择对数据进行差异加权。一旦扣除基线(非特异性)值,Y 重复样本间的方差就不太可能与 Y 成正比。

 

参考文献

1.Weimer, M., Jiang, X., Ponta, O., Stanzel, S., Freyberger, A., and Kopp-Schneider, A. (2012). 数据转换对浓度-反应建模的影响。《毒理学快报》213: 292–298.